1.1954年，云浮县办起中医联合诊所、中西医联合诊所。1956年初，云浮县县城云城镇的社会医药卫生人员联合成立云城镇联合诊所。1958年10月，云城镇联合诊所同云城镇公私合营国药商店合并成立东方红人民公社（今云城地区）卫生院。院址定在县城城基路。1962年3月，改为附城卫生院。

2.1966年8月，附城卫生院改为云城镇卫生院。

3.1984年12月6日，云浮县人民政府根据广东省规定每县须建立一间独立的中医院的要求，将原云城镇卫生院改建为云浮县中医院，股级建制。云城镇卫生院1986年升格为副局（科）级单位。1991年6月升格为正局（科）级单位。

4.1992年10月，云浮县中医院随云浮县撤县建市，改名云浮市（县级）中医院。

5.1994年9月28日，地级云浮市卫生局成立。9月31日，云浮市中医院划归云浮市卫生局管辖。

6.1995年2月25日，根据云机编[1995]043号《关于设立云浮市中医院的批复》，设立云浮市中医院，为副处级全民事业单位。

7.1996年1月30日，根据粤中医函[1996]005号《关于同意云浮市中医院为二级甲等中医医院的复函》，同意云浮市中医院为二级甲等中医医院，期限为1996年1月25日至1999年1月25日止。

8.2011年10月13日，根据云机编[2011]157号《关于印发云浮市中医院机构编制方案的通知》，云浮市中医院归口云浮市卫生局管理的事业单位，正处级，公益二类。

9.2012年3月12日，市中医院被广东省中医药局、广州中医药大学确定为广东省普通高等医学院校、广州中医药大学教学医院”。

10.2014年7月11日，广东省中医药局关于确定我省9所中医医院为三级甲等中医医院的通知（粤中医[2014]9号），正式确定市中医院为三级甲等中医医院，并授予三级甲等中医医院牌匾。

11.2017年9月3日，云浮市中医院整体移交给广东药科大学，作为广东药科大学直属附属医院。医院更名为“广东药科大学附属第二医院”，并挂“广东药科大学第二临床学院”的牌子，医院继续保留“云浮市中医院”的名称，履行云浮市中医院的职责。医院归口云浮市卫生健康局管理的事业单位，正处级，公益二类。

12.2023年6月19日，广东省中医药局《关于公布我省部分中医医院评审结论及编号的通知》（粤中医[2023]15号），正式确认市中医院通过三级甲等中医医院复审工作。